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收藏红龙尸骸的研究所遭袭。犯人不明。研究所被毁坏。</p>
【2014】</p>
3月，「形态计划」启动</p>
为防止感染白盐化症候qun，启动「形态计划」。研究抽出人类灵魂的「形态化」技术。</p>
通过魔素，从多元世界吸取能量，「无中生有技术」确立。此后，该技术被称为「魔法」。</p>
参加了作战的灵魂体自我责备过度而精神崩溃。（他们认为狂暴化怪物本来是人类，跟灵魂受到干扰的自己境遇相似）</p>
【2016】</p>
抑制白盐化症候qun的药物「萤火素酶」完成。</p>
12月，人类组建的对抗狂暴化怪物的「哈姆尔恩机关」开始活动</p>
【2018】</p>
「国立兵器研究所」成立</p>
【2025】</p>
1月，确立「灵魂体化」技术</p>
为灵魂体的人准备一个「容器」，灵魂体成功地进入该容器。</p>
【2026】</p>
6月，「国立兵器研究所」发生新型兵器暴走事故</p>
在国立兵器研究所研发的「实验兵器6号」暴走。紧急实行「实验兵器7号」封印作战</p>
【2030】</p>
狂暴化怪物的领袖红眼全灭</p>
【2032】</p>
「灵魂体化」技术公开</p>
把人类灵魂体化，然后制造出复制体。建立名为「复制体系统」的系统，半永久地重复以上工作。</p>
成功向无意识的复制体灌输了讨伐狂暴化怪物和维持复制体系统这两个活动目的。</p>
灵魂体计划进入最终阶段。把讨伐狂暴化怪物的任务交给复制体，在怪病从世界上消失之前一直沉睡。</p>
作为复制体系统的管理者、能半永久持续行动的「人造人」被配置到世界各地。复制体听从人造人的指示，收集魔素。收集的魔素作为人造人司祭的原料，在名为「祭」的仪式中放出到异世界。</p>
【2033】</p>
「黑之书计划」开始得益于多元世界的技术，成功向书一样的容器中编入灵魂体。以「黑之书」和「白之书」为首，造出了13本「封印之书」。</p>
利用黑之书和白之书同时起动所产生的巨大能量，让灵魂体强行回到复制体之中。此为「黑之书计划」。</p>
计划是，当狂暴化怪物和白盐化症候qun从世界上消失后，利用这个系统，让灵魂体回到复制体之中。</p>
【2053】</p>
尼尔和尤娜灵魂体化</p>
灵魂体化后的灵魂，经过一定时间后，有很大几率失去自我继而凶暴化（以下称为「崩坏体」）。再经过一定时间，必定死亡。</p>
根据解析结果，如要使灵魂体的灵魂安定，则需要从灵魂体化后仍能维持安定的个体中抽取魔素。</p>
世界净化机关为了找出安定个体，把「黑之书」的特殊克隆本派给穷人们。增加灵魂体，从中寻找不会崩坏的个体。（计划由哈姆尔恩机关」实施）</p>
过着贫穷生活的尼尔，为了治好尤娜的病而被骗去参加实验。然而看到周围的人相继变成崩坏体后，感觉到了实验的危险性，于是逃离哈姆尔恩机关的设施。</p>
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尼尔和尤娜在逃亡中，在新宿的超市里被崩坏体袭击。尼尔为打开困局，反而主动选择灵魂体化。</p>
尼尔保有了自我意识，灵魂体化成功。</p>
尤娜也因事故而灵魂体化，开始变成崩坏体。</p>
哈姆尔恩机关接触Nier。以「只要冷冻尤娜，1000年后病就会从世界上消失了」来说服尼尔。免费让尤娜冷冻1000年，与之交换的是尼尔提供魔素（使灵魂体化的灵魂保持自我的魔素）</p>
【2764】</p>
保持系统运行以及持续回收魔素的复制体，逐渐萌发了意识。</p>
最初是像小孩般的意识，但迅速发展，变成接近大人的思考方式。</p>
【3276】</p>